In passato il Museo è stato molto attivo nel campo della micologia grazie all'attività di Ruggero Cobelli che effettuò importanti studi sulla flora micologica della Vallagarina. Questa tradizione è stata ripresa negli ultimi anni con all'attività del Gruppo Micologico "Barbacovi" di Rovereto. Questo gruppo nei primi anni Ottanta del Novecento ha costituito una micoteca di 539 campioni che è collocata presso l'erbario del museo. Si tratta di macromiceti provenienti per lo più dalla Vallagarina. Sono inoltre conservate alcune decine di Uredinali.

Il Museo possiede anche delle piccole collezioni crittogamiche storiche che comprendono alghe, muschi e licheni. La collezione di alghe raccoglie 183 campioni di alghe marine montate su cartoncini provenienti dal litorale istriano, donati al Museo il 25 ottobre del 1854 dalla Signora Maria de Cattani di Zara, e di 99 campioni di alghe marine ad uso didattico montati su cartoncino (due cartoncini con nove campioni e due singoli) di F. de Vitturi. In collezione si trovano poi 138 campioni di licheni e 154 di muschi, tutti risalenti alla seconda metà dell'Ottocento e ordinati per famiglie da Livio Tamanini. Negli ultimi anni i licheni sono stati utilizzati dal Museo nell'ambito di ricerche sulla qualità dell'aria nei dintorni di Rovereto.