L'erbario della Fondazione Museo Civico di Rovereto è oggi costituito da circa 70.000 campioni (situazione al 2015), suddivisi nell'erbario "storico" risalente alla seconda metà dell'Ottocento (circa 10.000 campioni), e in un erbario "nuovo" (circa 60.000 campioni), raccolto a partire dagli anni Ottanta del Novecento e in fase di continuo accrescimento, grazie anche al lavoro di ricerca legato al censimento della flora locale. Tra le raccolte storiche sono da segnalare quelle di Cassiano Conzatti che, dopo aver studiato a Rovereto, divenne uno dei massimi botanici del Messico; i suoi campioni furono donati in parte da lui stesso nel 1901, in parte da sua figlia Victoria nel 2009.

L'erbario storico
All'atto di apertura al pubblico, avvenuta nel 1855, il Museo disponeva di un erbario di tutto rispetto: 2.492 specie di piante superiori in oltre 10.000 esemplari che provenivano soprattutto dal Trentino ma anche da tutto l'ex Impero Austro-Ungarico. Esso era costituito principalmente dall'erbario di Pietro Cristofori (farmacista, 1765-1848), cui si erano aggiunte le raccolte di altri botanici, per lo più per mezzo di donazioni (ad esempio, nel 1908 Damiano Graziadei donò oltre 2.000 campioni). L'erbario ha subito quindi vari danni, soprattutto nel corso della prima guerra mondiale. Un certo numero di campioni è andato perduto, mentre per altri si sono verificati deprecabili scambi o perdite di cartellini. Tra il 1985 e il 1992 si è eseguito un restauro, con revisione e schedatura completa. Nel 1984 l'erbario storico è stato poi collocato in deposito e intercalato con l'erbario didattico - risalente in massima parte alla fine dell'Ottocento - del Liceo Rosmini di Rovereto (1.258 campioni). L'erbario storico è costituito oggi in totale da 9.696 campioni: si tratta di una collezione "chiusa" che testimonia l'intenzione di costruire una raccolta locale.

L'erbario nuovo
Nei primi anni Novanta del secolo scorso è stato fondato un nuovo erbario, utilizzando soprattutto i campioni che venivano raccolti nell'ambito del progetto di Cartografia Floristica del Trentino. Con il tempo l'erbario è cresciuto progressivamente arrivando nel 2015 ad essere costituito da circa 70.000 campioni. I dati relativi a tutti i reperti sono archiviati digitalmente. I campioni trentini e della provincia di Verona, che costituiscono la parte più cospicua della collezione, sono anche puntualmente georeferenziati. L'erbario "nuovo" è costituito soprattutto da specie appartenenti a gruppi di difficile determinazione, per la quale spesso è necessario ricorrere a specialisti stranieri. Nel 1992 l'erbario del Museo è stato riconosciuto internazionalmente sotto la sigla ROV. Da allora, l'erbario effettua servizio di prestito internazionale.