Già al momento dell'inaugurazione del Museo Civico di Rovereto, avvenuta nel 1855, la sezione di botanica del museo possedeva un erbario di circa 10.000 campioni, basato sulle raccolte del farmacista roveretano Pietro Cristofori (1765-1848). Successivamente, furono soprattutto i fratelli Ruggero (1838-1921) e Giovanni de' Cobelli (1849-1937) a dedicarsi alla ricerca floristica pubblicando numerosi contributi floristici riguardanti Rovereto e i suoi dintorni.
Dopo la Prima Guerra Mondiale si ebbe un periodo di stasi dell'attività botanica del Museo che fu interrotto solo a partire dagli anni Ottanta del Novecento quando la sezione riprese vigore grazie a Francesco Festi, Filippo Prosser e Giorgio Perazza i quali diedero avvio prima a censimenti locali (flore dei dintorni di Rovereto e del M. Altissimo di Nago), e quindi (1991) all'ambizioso progetto di censimento della flora spontanea dell'intera provincia di Trento tuttora in corso.

Quindi, da quasi trent'anni la sezione Botanica del Museo è impegnata nell'attività di rilevamento floristico del Trentino; i dati raccolti e l'esperienza accumulata da questa sezione la rendono di fatto il principale referente per il settore floristico a livello provinciale. Al rilevamento delle orchidee spontanee viene dedicata particolare attenzione, grazie all'attività di Giorgio Perazza. Accanto ai ricercatori di professione che lavorano presso la Fondazione Museo Civico di Rovereto, la sezione di botanica può contare sul prezioso supporto di numerosi appassionati naturalisti che, in forma volontaria, contribuiscono a fornire importanti segnalazioni floristiche.

Nel corso degli anni la sezione di botanica del Museo ha svolto un ruolo centrale per quanto riguarda la flora del Trentino intrecciando numerose collaborazioni non solo a livello provinciale ma anche nazionale e internazionale.

Oltre a svolgere un'intensa attività di ricerca, la sezione di botanica del Museo si occupa anche di fornitura dati floristici a vari acquirenti, di divulgazione e formazione.
Ogni anno, da quasi vent'anni, nel periodo di marzo - aprile la sezione organizza con la Società Museo Civico di Rovereto l'ormai storico ciclo di conferenze "I giovedì della botanica", una serie di appuntamenti serali con cadenza settimanale aperti all'intera comunità e riconosciuti come attività di aggiornamento per gli insegnanti.

La sezione Botanica della Fondazione MCR cura anche la supervisione scientifica del giardino botanico l'Orto dei semplici di Palazzo Eccheli-Baisi a Brentonico