Le banche dati specialistiche della Fondazione MCR ammontano a decine di migliaia di schede aggiornate giornalmente.

> Come ricercare nelle banche dati
La ricerca all'interno delle banche dati è libera e le schede possono essere consultate liberamente nel formato 'anteprima'. Per la consultazione delle schede in dettaglio è richiesta invece la registrazione.

Bibliografia
Preziosa fonte d'informazione per tutti i professionisti che operano nei settori della ricerca, della pianificazione territoriale o ambientale, ma anche per i semplici appassionati e gli insegnanti, questa banca dati conta a tutt'oggi oltre 30.000 schede, e comprende due sottosezioni generali inerenti la geologia e l'archeologia. All'interno di queste sono incluse alcune bibliografie specifiche. Per quanto riguarda gli articoli più recenti (dal 1990 in poi), è disponibile anche l'abstract esteso del lavoro. Le schede sono corredate da documenti allegati: se disponibile, è pubblicato l'intero lavoro.
Il progetto banca dati bibliografica ha dato vita al sito tematico OpenBiblio, dove le voci bibliografiche sono ricercabili per aree tematiche e zone geografiche (tramite webgis) e dove anche i professionisti e i ricercatori di altri enti possono contribuire all'inserimento delle schede.

Archivio fotografico
Comprende vari cataloghi differenti, posseduti dal Museo o concessi da altri enti per la divulgazione in internet. Si tratta di materiali d'archivio, su diversi supporti, e immagini naturalistiche, geologiche, archeologiche, storico-artistiche raccolte dai ricercatori del Museo. A livello internazionale, l'idea dell'album via web ha conquistato l'attenzione dell'Egypt's Supreme Council of Antiquities, in riconoscimento al lavoro di documentazione dei siti sconosciuti del Medio Egitto. Di recente pubblicazione l'intera fototeca storica, nell'ambito del progetto RAM Rovereto Archivi Memoria. 

Manoscritti
La sezione comprende una serie di manoscritti autografi e di lettere a firma di Paolo Orsi, conservati negli archivi della Fondazione Museo Civico, della Biblioteca Civica di Rovereto e del Museo Archeologico Regionale Paolo Orsi di Siracusa. La parte più consistente è rappresentata dall'archivio epistolare acquisito dalla Fondazione MCR nel 2013, costituito da circa 8000 documenti (perlopiù missive indirizzate a Paolo Orsi), e dalla corrispondenza posseduta dal Museo di Siracusa, di cui Orsi fu direttore. La sezione comprende anche un fondo di circa trecento lettere private di Carlo Belli, di proprietà della Fondazione Sergio Poggianella di Rovereto.

Cinematografia
Sono a tutt'oggi oltre quattromila i filmati che la Fondazione Museo Civico di Rovereto conserva e mette a disposizione degli interessati, prestandosi quale 'centro di visione permanente'. Questa banca dati raccoglie i lavori di documentazione visiva del patrimonio culturale o naturalistico comune conservati nella cineteca museale. 

Monitoraggio ambientale
Il monitoraggio ambientale eseguito dalla Fondazione Museo Civico di Rovereto sul territorio si suddivide in diversi grandi temi:
- monitoraggio della presenza di odori molesti
- campionamento delle polveri sottili
- rilevamento di immagini iperspettrali dei fumi industriali
- monitoraggio di acque e bioindicatori (licheni, zanzara tigre, pozzi)
- censimento del colombo (Columba livia var. domestica)

Archeozoologia
Contiene le schede relative alla collezione di confronto, che comprende donazioni e materiale proveniente da scavi.

Dendrocronologia
La Fondazione Museo Civico di Rovereto ha promosso la costituzione di un Laboratorio di Dendrocronologia. 
Nel 2013 ha acquisito l'archivio e la collezione dell'Istituto Italiano di Dendrocronologia, acquisizione grazie alla quale il Laboratorio di Rovereto è in possesso del più grande archivio di dendrocronologia in Italia.